隶属于BASS的佣兵克里斯(凯文·道尔曼 Kevin Dorman 配音)奉命前往某处洋馆调查武器走私案件,哪知道在那里遇见了国际通缉犯格伦(约翰·德米塔 John DeMita 配音),两人交手数回合之后,格伦夺路而逃。 大学教授瑞贝卡(艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音)正在研究死者复活伤人时间,由此发现了新型病毒的存在,并且迅速研制出了针对这种病毒的解药,哪知道在这个节骨眼上,研究所遭到恐怖分子的袭击,好在关键时刻克里斯赶到了,救出了瑞贝卡。之后,两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂(马修·默瑟 Matthew Mercer 配音)汇合,三人发现,格伦真正的目标正是新型病毒,他想要制造一场破坏性极强的生化危机。
U. C.0097时期,“拉普拉斯事变”的纷争终结后,2架独角兽高达被秘密封印,新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时,失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身,拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎,一场宇宙对决也即将拉开帷幕......